全飞秒激光是一种非常完善的、很好的手术模式，相对来说后遗症主要有以下几个方面：
1、感染，因为全飞秒激光是不像准分子激光那样要做角膜瓣，但是也是会在角膜基质层里面进行切削，切削既然有设备的操作，就难免会带来感染的可能性，只是可能性，因为现在由于手术所带来的感染发生率已经很低了。
2、干眼症，因为全飞秒激光是切削的角膜基质，基质里面有神经末梢，切削可能会损伤角膜基质的神经，减弱神经对泪液分泌的辅助作用，因此会造成干眼。
3、屈光回退，这种情况主要发生在原先手术之前是高度近视的患者身上，实际上跟手术本身没有太大的、直接的联系，因为越是度数高的患者，做屈光手术之后，不仅仅是全飞秒激光，还包括准分子激光、眼睛的屈光手术，都会发生一定程度的屈光回退，在临床上是各种屈光手术都比较常见的一种后遗症。