飞秒激光手术属于治疗屈光不正较为先进的手段，正常情况下不会留有手术后遗症。但如果出现操作不当或护理不佳时，也会出现术后不适和后遗症，主要包括干眼症、眼睛眩光、畏光、屈光不正反弹、感染性角膜炎、结膜炎、角膜新生血管形成等。如果出现异常症状需及时到医院就诊，明确诊断后给予治疗。
1、干眼症：飞秒激光手术会切断角膜前基质内感觉神经丛，导致角膜知觉降低进而使眨眼次数减少、泪液分泌减少，从而可以引起干眼症。患者自觉眼睛干涩不适、异物感等，一般随时间推移干眼症可以恢复，可使用热毛巾热敷眼部或使用人工泪液缓解干眼症不适；
2、眼睛眩光、畏光：术后角膜曲率和折射光线会发生改变，患者会出现看东西怕光、眩光症状，同时可能夜晚视觉质量不如白天。此为正常现象，随术后眼睛恢复，症状也逐渐减轻和消失；
3、屈光不正反弹：如果患者术后不注意用眼，仍继续采取不正确用眼姿势和用眼习惯，还可能会再次造成屈光不正。建议患者适度用眼，视物较久后可适当休息、眺望远方；
4、感染性角膜炎、结膜炎：主要由于术后眼睛护理不当，细菌、真菌等感染角膜、结膜等部位时，可能会引起炎症反应。患者会出现畏光、流泪、疼痛等症状；
5、角膜新生血管形成：也属于飞秒激光手术后遗症。角膜新生血管形成主要由于术后护理不当，出现细菌感染而诱发，可遵医嘱应用泼尼松滴眼液等药物治疗。