总体来说，半飞秒手术比较安全。如果手术操作不当，可能的危害有：可能会对角膜造成损伤，导致屈光度数矫正过多或过少，视力更加下降，或出现干眼症。另外，如果手术区域较为靠近视觉中心，那么患者术后可能会出现眩光，甚至夜间视力差等。
半飞秒手术是利用飞秒激光制作角膜瓣，然后再用准分子激光进行角膜切削的一种手术方式，对比起用角膜板层刀制作角膜瓣，它能够大大降低手术风险，避免医源性感染，提高精确度。但是术后患者容易出现畏光、眼睛干涩的情况，而如果术前没有进行详细充分的检查，或在手术过程中操作不当，则可能会因角膜切割过深、手术区域较为靠近视觉中心或损伤角膜，导致患者在夜间出现眩光或视力障碍，以及矫正不足或过度，视力回退，干眼症等。
因此患者应选择正规的医院来进行半飞秒手术，术前做好相关检查，术后还应注意护理，如避免揉搓眼睛、化妆、游泳及长时间用眼等，还要定期复查。