激光近视手术的术式不同其并发症略有不同，常见术式有两种：准分子激光屈光性角膜切削术（PRK）和准分子激光原位角膜磨镶术（LASIK）。
一、PRK的并发症：
1、角膜雾状混浊（Haze）：被切削的角膜创口在修复过程中存在着胶原纤维重塑和上皮下成纤维细胞增生。轻度混浊对视力影响不大，重度则会造成屈光回退，影响视力。为了减少上皮下新的胶原层的厚度和减轻基质混浊，可予以糖皮质激素滴眼治疗。
2、青光眼：激素性青光眼可能发生在长期滴用糖皮质激素的部分人群中，在治疗上，可用非甾体类消炎眼药水替换糖皮质激素滴眼。
3、最佳矫正视力下降：多见于出现“中心岛”或在激光切削时偏离中心出现散光。
4、其他并发症：干眼症、屈光状态不稳定、屈光过矫或欠矫、散光增加、屈光回退、视觉质量下降、眩光等。
二、LASIK的并发症：
1、与PRK相同的有：欠矫、过矫、不规则散光、夜间眩光、最佳矫正视力下降、单眼复视、对比敏感度下降和感染等。
2、与PRK不同的有：角膜瓣不全、游离角膜瓣、皱褶、角膜瓣纽扣、弥漫性板层角膜炎、角膜上皮植入等，主要是角膜瓣的制作引起。
3、最为严重的并发症：角膜扩张及继发性圆锥角膜，在残留的角膜基质厚度不足250微米时可能发生。