全飞秒两个眼睛清晰度不一样，可能是由手术并发症导致，如干眼症、屈光过矫或欠矫、屈光回退等引发，也可由于自身存在眼病，如白内障、黄斑变性等引起，应给予鉴别。
1、干眼症：手术过程中，如果一个眼睛在术中切断传入感觉神经纤维，导致基础泪液分泌量减少，引起视觉质量下降，而另一个眼睛没有发生这种情况，即可引起全飞秒两个眼睛清晰度不一样的现象。轻者可通过热敷或改善用眼习惯减轻症状，严重者可行泪点栓塞治疗；
2、屈光过矫或欠矫：术前检查屈光不准确，可引起一个或两个眼睛出现过矫或欠矫现象，导致全飞秒两个眼睛清晰度不一样的现象，需要到眼科就诊，佩戴合适度数的眼镜矫正视力；
3、屈光回退：一般在6个月以上发生，术后一个眼睛或两个眼睛角膜伤口愈合反应过强，可出现术后角膜扩张，导致全飞秒两个眼睛清晰度不一样。可在医生指导下调整药物用量，必要时再次行手术矫正；
4、白内障：如手术前双眼或单眼存在白内障，因白内障的严重程度不同，可导致双眼或单眼视力下降程度不同，也可引起全飞秒两个眼睛清晰度不一样。如影响视力，可通过超声乳化联合人工晶体植入手术治疗；
5、黄斑变性：如高度近视眼可出现近视性黄斑变性，导致双眼视力有差异，也可引起全飞秒两个眼睛清晰度不一样，大部分经药物治疗不理想，需手术治疗，如黄斑区出现新生血管可行抗VEGF药物治疗。