全飞秒激光手术是会有一定后遗症的，但是出现的情况比较少见，概率并不大。
全飞秒激光手术最常见的后遗症为角膜感染、干眼、眩光、欠矫、过矫、术后视力的回退、圆锥角膜等情况，但是常见的后遗症大部分都是比较轻微的，严重的后遗症出现的概率比较小。
其实所有的手术都有一定的危险性，包括全飞秒激光近视矫正。然而，目前的近视矫正技术已相当成熟，其安全性、可预见性、稳定性及疗效均较好。如果在医生指导下使用药物，定期复查，那么出现并发症的可能性会相对小一些。
如果是完全飞秒激光的话，术后的后遗症和并发症会相对较小。如果术前检查有一些不符合标准，那么在进行全飞秒激光手术时，会出现以上情况。