全飞秒是相对安全的，但操作不当也可能有并发症的出现。
全飞秒是通过一种飞秒激光在角膜上立体扫描，立体切割出所需要的透镜，然后通过二毫米的微切口取出组织，整个手术过程是一步完成，造成的损伤相对于类似手术是很小的。
但是全飞秒手术安全的前提是术前对眼睛屈光力检查准确，如果术前对眼睛屈光性的检查有偏差，或者是手术环境和操作者不良的操作习惯可能会是术后发生过矫和欠矫的结果，即矫正结果与目标值相比偏高或者偏低。同时这种手术术后有少数人眼干，由于是微切口，相对于其他角膜屈光手术方式，干眼发生率很低，表现为眼部干涩，容易疲劳。可以适当滴人工泪液眼药水进行缓解，术后注意休息，帮助眼部适应。
所以全飞秒手术操作得当是比较安全的，建议去规模较大的专业医院进行手术，可以一定程度上减少并发症的发生。