全飞秒激光术后，可能会引起干眼症、角膜炎、屈光回退等疾病。
1.干眼症：可能是由于激光在角膜上的微小切口（3mm），导致三叉神经末梢切断，引起角膜神经迟钝，瞬目减少，泪膜得不到补充泪液，进而形成干眼症。全飞秒手术对于其他角膜手术来说，是最微小切口（3mm）的手术,手术后发生干眼的几率极低，远远低于其他大切口的角膜手术。若有干眼可在医生指导下使用地夸磷索钠滴眼液、羟糖甘滴眼液等药物来治疗。
2.角膜炎：可能是由于术后护理不当，进而引起角膜炎的形成。角膜炎可能出现结膜充血、视力模糊等症状，可在医生指导下使用普拉洛芬滴眼液、盐酸左氧氟沙星滴眼液等药物治疗。
3、屈光回退：部分接受手术的患者，术前近视度数不稳定，术后近期过度用眼，出现近视回退，患者可减少近距离用眼程度，适当休息，应用缓解视疲劳的眼药，多数可调整到正常范围。
在日常生活中应避免过度用眼，注意休息，适当的运动。