按照正规的操作进行全飞秒手术基本上不会出现危害和后遗症，但是如果未按照正确方式进行手术，或者是体质特殊的人群，可能会出现术后感染、眼睛疼痛等症状。
全飞秒手术，是激光用于治疗近视眼以来，创伤最小、精度最高的技术阶段。屈光手术之前，有严格的术前筛查程序来保证手术对于个体的安全性，凡是符合手术条件的患者，一般不会因为手术而带来非预期的损害。毕竟飞秒激光的医学特性和手术原理，其核心医学效应，不是破坏和伤害眼睛的。
全飞秒手术切口，虽然是有史以来最小的角膜屈光手术的切口，但是也会对眼表结构机能有一定的影响，这种影响是医生综合考虑并且向患者说明的。
每一个医学行为，都有它直接间接的医学效应，这种医学效应不能当做危害。任何手术和有创操作，都有医学风险和意外，这是另外一回事。