全飞秒近视手术是矫正近视眼的手术，对于适合手术的患者来说，不会有什么危害。但毕竟是外眼手术，术后有极小并发症的风险，可能会出现干眼症、感染性角膜炎、角膜基质混浊、圆锥角膜、眩光等并发症。并发症发生率极低。
全飞秒近视矫正手术是目前创伤最小（仅有3mm微切口）、恢复最快的近视手术，但角膜手术会破坏眼表稳定性、损伤角膜神经出现干眼症状；术后不注意眼部卫生会引起角膜感染；基质切口愈合中可能会出现混浊；角膜变薄后会有圆锥角膜的风险，经过术前严格的检查筛选，这项风险的发生率仅有几十万分之一。
患者若要做全飞秒近视眼手术，需要完善严格的术前检查才可以进行手术，术前全面检查避免术后并发症是十分重要的环节。总体来说，全飞秒属于外眼手术，在所有近视矫正手术中属于风险最小、并发症极少的手术方式。