全飞秒和半飞秒是完全不同的两种手术，所以优点和缺点也会有所不同。
全飞秒激光手术分为不见刀治疗和微创治疗，不见刀激光治疗主要是利用激光打磨基质层提高患者的视力，微创全飞秒激光的切口相对比较小，而且手术的精准度相对比较高，手术创伤也相对比较小，但是全飞秒激光手术容易出现视力下降、干眼症、眼部感染等相关的现象，而且全飞秒激光手术的价格相对高一些。
半飞秒手术在手术的过程中，角膜基质床保留的会相对比较厚，所以能够允许角膜进行二次的手术，并且半飞秒手术的费用相对比较低。但是半飞秒手术的切口相对比较大，恢复的速度也相对比较慢，术后有可能会出现角膜瓣偏离、中心角膜瓣皱折、角膜瓣对位不离等相关的并发症，还有可能会出现看东西时有光晕的现象。