一般来说，没有全飞秒和半飞秒哪个后遗症小的说法，单纯通过两种手术原理机制分析，半飞秒导致感染的几率略大，但具体还是取决于术后护理。
全飞秒手术全程利用飞秒激光进行角膜的切削，过程中产生的切口仅为2-4mm，恢复速度相对较快。半飞秒是先通过飞秒激光制作角膜瓣，然后使用准分子激光进行切削，创口比全飞秒大，可达20mm，因此恢复速度稍慢，如果护理不当，如术后过早沾水、用手揉眼、异物入眼，则导致感染，诱发眼红、疼痛等症状的几率稍大。如果护理得当，则均不会导致后遗症。建议不管选择哪种手术，术后均需科学用眼，保证眼部清洁干燥。