目前，传统手术仍是治疗肛瘘的主要方法，业内所谓肛瘘“微创”手术，主要是指（外）括约肌保留术式：包括经括约肌间切开术(TROPIS)、经括约肌间瘘管结扎术（LIFT）、肛瘘栓、蛋白粘堵、黏膜瓣推移术等。
1、经括约肌间切开术(TROPIS)是指经过肛门切开括约肌间间隙,同时将外部的瘘管搔刮并清理的术式。
2、经括约肌间瘘管结扎术（LIFT）在欧美国家应用广泛，国内也有一定范围的应用，存在着复发的可能性。
3、肛瘘栓是用猪小肠上皮制成的栓剂缝合内口，可完整保护括约肌，成功率约为46%，因为费用较为昂贵，术后复发率较高，所以目前应用范围较小。
4、蛋白粘堵是通过蛋白胶粘堵瘘管，存在一定难度，成功率相对较低，目前仍处于研究阶段。
5、黏膜瓣推移术适用于高位肛瘘内口明确且不伴严重感染的患者，可保留括约肌。
尽管肛瘘微创手术有痛苦小、损伤小、恢复快的优点，但复发率较高，有的费用也比较高，目前基本还处于研究阶段，肛瘘微创手术还有镭射激光切除管道、肛瘘镜等方法。
患者不应盲目追求肛瘘“微创”手术，应到肛肠专科就诊，明确诊断，采取合适的治疗方式。