全飞秒是利用飞秒激光，对角膜层进行两次扫描，而半飞秒是通过激光先对角膜进行分瓣，再对角膜组织进行切削，达到矫正近视的目的，全飞秒激光不需要制作角膜瓣，同时对角膜神经破坏较少，避免了术后角膜瓣脱位的情况，所以全飞秒手术箱对比半飞秒手术更加安全，创伤更小，所以半飞秒手术后遗症更加严重。
但全飞秒手术是在眼部基质层内进行操作，如果感染产生的后果比较严重，建议在无菌室内选择经验丰富的医生进行手术，术后禁止用手触碰手术部位，以免发生感染的情况，同时也要避免辛辣刺激性食物的摄入，禁止熬夜，让眼睛得到充分的休息，有利于视力的恢复。