全飞秒手术是角膜屈光手术中的一种，由于手术创伤较小，因此副作用也较少，但仍然存在着激光手术常见的副作用，如干眼症和神经麻痹，眩光、头晕，近视回退等。
1、干眼症和神经麻痹：由于切断了角膜上皮的三叉神经末梢，全飞秒有可能会导致三叉神经的眼支反射变得迟缓，使眨眼反射较少，泪液分泌减少，从而导致不同程度的干眼症和神经麻痹，建议平时应注意休息、不要过度用眼，必要时可以冷敷眼睛，也可使用玻璃酸钠滴眼液、聚乙二醇滴眼液等进行浸润以及治疗；
2、眩光、头晕：全飞秒过程中，医师会在角膜上制作一个切口，从角膜基质中进行两次飞秒激光，这时属于瘢痕修复，一旦修复不彻底或切口愈合不良，手术效果可能会打折扣，从而导致部分人群出现眩光、头晕等症状，但随着术后时间延长，症状会有所减轻，若出现不适症状加重，应及时就诊；
3、近视回退：在矫正一年或两年后，由于患者本身没有改变不良的用眼习惯或者手术造成过矫、欠矫等现象时，可能会因角膜上皮内生、弥漫性层间角膜炎等出现近视回退，一般没有特殊治疗方式，若视力回退较大，可及时咨询医生，在医生指导下进行处理；
4、其他方面：如果手术后伤口护理不当，可能会导致病原体进入体内发生感染，如角膜炎、结膜炎等，这时需要使用红霉素滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等抗生素眼药水进行消炎处理。在全飞秒早期，还可能会由于手术破坏了角膜神经，出现角膜敏感性下降的情况，但一般能够自愈。
建议术后不要过度使用眼睛，注意合理用眼习惯，注意眼部的清洁，不要随意揉眼睛，以免引起术后感染，还需要保证充足的睡眠，避免熬夜、长时间使用电子产品，如手机、电脑、电视等，防止近视的复发。