全飞秒治疗近视的后遗症，主要包括干眼症、角膜的生物力学发生改变，以及术后感染等。
1、干眼症：全飞秒激光手术以后，部分患者在术后早期可以伴随眼睛干涩的症状。全飞秒手术与准分子手术相比，对角膜的生物力学改变少，所以术后发生干眼的概率相对较低，但是仍然不能排除术后合并干眼症的发生。
全飞秒激光手术会切断角膜前基质内的感觉神经丛，术后早期会导致角膜知觉减退，角膜知觉的减退可以引发瞬目减少以及基础泪液的分泌减少，从而引发眼睛干涩症状。
2、术后角膜的生物力学发生改变：是一种不可逆的改变，全飞秒激光手术毕竟还是属于激光手术的一种，是通过对角膜组织的缺血，完成对近视的矫正。
绝大多数患者而言只要检查合格，全飞秒激光手术还是安全可靠的，但是部分患者仍然有可能发生继发性的圆锥角膜。有些患者是因为术后用药不规律，也可以出现发生屈光度数的回退。
3、术后感染：全飞秒激光手术，毕竟需要做角膜的切口，如果术后不注意卫生或者是因为其他原因是有可能合并角膜发生感染的。但是严格地遵照医嘱用药和规范化操作可以将这种角膜感染的概率降到很低。
4、其他：有些患者在术后可以出现眩光、单眼复视等症状。