由于现在科学发展，飞秒激光在近视激光手术里运用越来越广泛，亦最常用，是最受欢迎的一种手术方式。任何手术皆有风险，飞秒激光手术亦不例外，但飞秒激光手术风险较低，多见以下几种手术风险：
1、矫正不足即近视未完全矫正；
2、过矫即本来是近视手术后变成远视；
3、屈光回退即手术后已治好，但又慢慢出现近视，此情况较多；
4、干眼症，较多手术前本身有眼干涩的患者，手术后有可能会加重，若有这些问题，需注意检查清楚；
5、非常少见但较严重的并发症，包括角膜感染、角膜扩张、圆锥角膜，若发生这些严重并发症，可对眼睛造成不可逆的严重视力下降，但此情况非常罕见。