全飞秒手术后两只眼睛视力不一样，可能是术后没有恢复好，还有可能是术后患干眼症或角膜水肿造成。建议在术后及时复查，观察眼部变化，同时应当注意术后尽量戴墨镜，避免阳光直射以及空气中的灰尘对眼睛恢复造成影响。
1、术后没有恢复好：全飞秒手术是通过飞秒激光矫正近视的一种方式，在手术后如果没有恢复好，可能会使两只眼睛视力不一样。此种情况一般无需治疗，注意观察即可，如在术后数日后还是不能够恢复，则应当及时就医治疗，必要时再次进行激光手术；
2、干眼症：全飞秒手术后如果不注意用眼，可能会导致干眼症。干眼症患者一般是由于过度用眼引起，由于泪腺障碍，可能会影响视网膜成像，从而造成两只眼睛视力不一样。干眼症患者一般可通过使用羟糖甘滴眼液、复方门冬维甘滴眼液等缓解症状，具体用药应谨遵医嘱；
3、角膜水肿：全飞秒手术后如果角膜发生水肿，使角膜受压较大，可能会影响角膜功能，造成两只眼睛视力不一样。对于轻微水肿的患者，一般可通过使用麝珠明目滴眼液、七叶洋地黄双苷滴眼液等缓解症状，如果症状还是不能缓解且症状比较严重，则应及时就医进行手术治疗，如穿通性角膜移植术。
建议在全飞秒手术后应当遵医嘱使用药物，防止术后并发症的发生。同时在术后应当注意适度用眼，避免视力反弹。术后还应当注意饮食清淡，不食用辛辣、油腻的食物。