全飞秒手术在临床属于一种常见的眼科手术，一般情况下没有明显危害，少部分患者可能会出现干眼症、角膜水肿等不良反应，但多在术后可逐渐恢复。此外，如果没有严格掌握手术适应证或手术操作不当等不良原因，还可能会造成感染等其它危害。
1、干眼症：做全飞秒近视手术后部分患者早期可能会出现角膜知觉减退，瞬目反射减少，导致基础分泌泪液减少，泪液减少可能会引起干眼症，表现为眼睛干涩、眼痛、眼红、畏光等症状。患者可以遵医嘱用润眼的人工泪液，或止疼、消炎的药物来缓解症状，经过有效治疗大部分患者在短期内可以恢复；
2、角膜水肿：术后部分患者可能会发生角膜水肿的反应，表现为角膜混浊、视力下降、虹视、雾视等。大部分患者可以自己恢复，若长期没有恢复，需要遵医嘱用药物来进行干预治疗；
3、夜间眩光及视力障碍：患者做全飞秒近视手术后可能会出现夜间的眩光以及视力障碍，患者在暗处时，瞳孔扩大范围超过手术的范围，部分患者可能会出现眩光，看东西出现五颜六色的光圈，影响夜间视力；
4、眼部感染：手术器械消毒不合格，或患者术前没有遵医嘱使用抗生素眼药水进行预防感染，都有可能会造成术后眼部发生感染，出现结膜炎、角膜炎等疾病。若患者出现眼部感染，需要及时遵医嘱，使用抗生素药物来控制感染；
5、圆锥角膜：若全飞秒近视手术没有严格掌握适应证，如患者角膜厚度不够，仍进行了全飞秒近视手术，容易造成圆锥角膜。
全飞秒近视手术如果严格掌握适应证，术前、术中做好护理和消毒，术后做好眼部护理，一般情况下较少发生危害，是较安全和有效的近视眼手术。术后仍要注意用眼卫生，避免用眼过度，导致患者重新患上近视眼。