眼睛飞秒激光手术通常是安全的，飞秒激光手术是指利用脉冲激光，对眼睛组织进行操作，从而达到恢复视力的作用，临床常用于近视、远视、散光、白内障的治疗。
飞秒激光手术在进行眼部疾病的治疗时，对晶状体进行操作，不会损坏眼睛正常的囊膜，从而实现“无刀手术”，对眼部的创伤小。同时眼睛飞秒激光手术是在计算机引导下对眼部组织进行操作，与传统超声引导下的眼部手术相比，具有更高的精准性。此外，因操作者可以在计算机引导下避开血管和重要部位，故眼睛飞秒激光手术后出现角膜水肿、眼压升高、黄斑囊样水肿、视网膜脱离等并发症的几率较低，更有利于手术后的康复，也有利于患者术后视力的保持和远期视力的恢复，因此通常来说眼睛飞秒激光手术是安全的。
需要注意，虽然眼睛飞秒激光手术是安全的，但是眼睛飞秒激光手术的适应证也更为严格，若存在全身性疾病，如糖尿病、甲亢以及眼部疾病，如圆锥角膜、青光眼等，则不适宜进行眼睛飞秒激光手术，可考虑准分子激光手术或其他手术方式。