全飞秒手术后眼睛疼可能是用眼疲劳、术后副作用或炎症引起的，根据原因不同，处理措施不同，具体如下。
1、用眼疲劳：术后用眼过度，会导致眼睛疲劳引起疼痛，可以通过做眼保健操，闭目休息，或双眼局部热敷来缓解。
2、术后副作用：角膜神经丰富，全飞秒手术可能会损伤神经，造成术后干眼症，产生疼痛，属正常现象，一般可以使用眼药水或人工泪液来缓解疼痛，如玻璃酸钠滴眼液。
3、结膜炎：若视力下降且伴有刺痛，眼睛红肿，有分泌物等，则可能是受细菌、病毒、物理化学刺激等引起的结膜炎，可应用滴眼液来治疗，如左氧氟沙星滴眼液，并使用生理盐水等冲洗。
全飞秒手术后要合理用眼，避免长时间使用电子产品，或近距离用眼，造成双眼疲劳，外出时做好防护，避免双眼受细菌感染，以免影响术后恢复。